DNA DA ALTIN ORAN KODLAMASI

(Yazan: Perry MARSHALL – Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK)

Düşünün ki, birisi size bir sayfası yırtılmış gizemli bir roman verdi…

Ve birilerinin de size, bu kayıp sayfayı kitabın diğer kısımlarındaki cümleler ve paragraflardan aldığı kısımlarla tamamlayan bir bilgisayar programı ile geldiğini varsayalım. Hayal edin! Bu bilgisayar, birçok insan kitabın sayfasının kayıp olduğunu anlatamayacakken, böylesine harikulade bir işi yapıyor olsun.

DNA bunu yapıyor.

1940’larda seçkin bilim insanı Barbara McClintock bir mısırın DNA’sının bir kısmına zarar verdi. Daha sonra şaşkınlık içerisinde bitkinin hasar görmüş kısmının tamir edebildiğini gözlemledi. Bunu DNA dizilimindeki diğer kısımlarını kopyalayıp, hasar gören yere yapıştırarak yapıyordu. Keşfi o zamanlar için oldukça radikal bir şeydi, nerdeyse raporlarına kimse inanmamıştı. (40 yıl sonra bu çalışma sebebiyle Nobel aldı.)

Ve bizler hala meraktayız. Bu denli ince bir hücre bunu yapmayı nasıl biliyor?…

Fransız bir HIV virüsü araştırmacısı ve bilgisayar bilimci, bu sorunun cevabının bir kısmını buldu. İpucu; DNA’daki yönergeler sadece dilbilimsel değildir, aynı zamanda harikulade bir matematiğe sahiptirler. DNA’nın yapısına hükmeden bir Evrimsel Matris vardır. Bilgisayarlar veri hatalarını belirlemek için “sağlama toplamı’’ adı verilen bir şey kullanırlar. Görünüşe bakılırsa DNA’nın da bu tip bir sağlama (checksum) kullandığı gözükmektedir. Fakat DNA’nın sağlaması sadece kayıp veriyi belirlemekle kalmaz; bazen de neyin kayıp olduğunu hesap edebilmektedir. Şimdi bunun nasıl çalıştığına bakalım;

İngilizcede “E” harfi metinler içerisinde % 12.7 yüzdesi ile görülmektedir. “Z” harfinin görülme sıklığı ise sadece % 0.7’dir. Diğer harflerin görülme sıklığı da bu ikisinin arasında bir yerlere tekabül eder. Böylece İngilizcede sadece harfleri sayarak hata belirlemesi yapabilmek mümkündür.

DNA’da, bazı harfler diğerlerine göre tıpkı İngilizcedeki “E” harfi gibi daha sık görülmekte, bazıları da daha az sıklıkta görülmektedir. Fakat İngilizcenin tersine, bu harflerin hangi sıklıklarda görüleceği  genetik koda saklanmış kesin bir matematiksel formülle kontrol edilmektedir.

Hücreler çoğaldığında, DNA dizimindeki tüm harflerin toplam sayısı hesap edilir. Harflerin toplam sayımı kesin bir oranla eşleşmezse, hücre bir hata yapıldığını bilir. Böylece işlemi durdurarak yeni hücreyi öldürür.  Bu sağlama mekanizmasının işlevsizliği yapısal doğum bozuklukları ve kansere neden olur.

Dr. Jean-Claude Perez DNA’daki harfleri saymaya başladı. Keşfettiği şey, bu oranların yüksek bir matematik içerdiği ve Pi; Altın Oran sayısı olan 1.618 temelinde gerçekleştiğiydi. Bu bir Pi türevi olan çok özel bir sayıdır. Perez’in bu keşfi Interdisciplinary Sciences/ Computational Life Sciences gibi bilimsel yayınlarda Eylül 2010’da yayımlanmıştır.

Jean Claude Perez DNA içerisinde, Altın Oranı (1.618) temel alan evrimsel bir matematiksel matris keşfetmiştir. Sizlere bundan bahsetmeden önce, bana genetik kod ile ilgili kısa bir açıklama yapmama izin verin.

DNA’nın dört ana bazı vardır. Sembolleri şu şekildedir;  T (Thymine ) ,C (Cytosine) , A (Adenine) ve G (Guanine). Bu semboller üçlü küme kombinasyonlar şeklinde gruplanırlar. Bunlar 4x4x4 = 64 olası kombinasyona sahiptir. Böylece genetik alfabe 64 harflidir. 64 harf  amino asitleri ve proteinleri meydana getiren yönergeleri yazmakta kullanılır. Perez harfleri sayarken, DNA’daki harfleri T-C-A-G tablosu şeklinde düzenlendiğinde ilginç bir örüntü göründüğünü ortaya koydu. Tabloyu gördüğünüz gibi ortadan 2’ye böldü. İnsan genomunda 1 milyon üçlü kümeye sahip bir DNA dizimini aldı. DNA’daki her üçlü kümenin popülâsyonunu saydı ve herbir aralığa yerleştirdi:

Harfleri topladığında, beyaz harflerin toplamı ile siyah harflerin toplamının birbirine oranı 1:1 idi. Ve bu öyle kaba taslak olarak ortaya konmamıştı. Bu oran tam anlamıyla binde birlik bir orandan bile daha iyiydi. 1.000:1.000.

Daha sonra Perez tabloyu bu şekilde böldü:

Perez’in keşfettiği beyaz harflerin siyah harflere oranının tam olarak 0.690983, (3 pi) /2. Pi ise 1.618 yani altın oranın sayısıdır.

Daha sonra keşfettiği başka bir şey ise aynı oranın, yani 0.690983 tabloyu şu iki şekilde böldüğünde bile değişmemesiydi:

Yine, beyaz harflerin toplam sayısının siyah harflerin toplam sayısına oranı 0.6909 idi, yani 1,000 de birlik bir orandan daha iyi bir kesinlikteydi.

Perez iki tane daha farklı simetri keşfetti;

Yukarıda: Beyazların siyahlara oranı = 1:1

Yine beyazların siyahlara oranı = 1: 1

Ve buraya kadar ki 3 yolla tablonun bölünmesi ile beyazların siyahlara oranı 1.000: 1.000.

Ve diğer 3 yolla bölünmesine oranı 0.600983 ya da (3pi)/2

Bu 6 simetriyi birbirlerinin üzerine gelecek şekilde üst üste yerleştirirseniz, 32 altın basamaktan oluşan bir matematiksel merdiven elde edersiniz. Daha sonra da olağanüstü bir geometrik örüntü ortaya çıkar: Fraktal geometride çok iyi bilinen “Ejderhanın Eğrisi” karşınızdadır. DNA harfleri ile sınıflandırılmış, giderek azalan frekanstaki bir örneği:

Ejderha eğrisi animasyonu;

DNA temelinde olmayan, bilgisayar versiyonunu görmek isterseniz tıklayın

DİĞER İLGİNÇ GERÇEKLER:

* Bu kuralların varyasyonlarına sahip benzer örüntüler, AIDS virüsünden bakteriye, primatlardan (insanımsılardan) insanlara kadar 20 farklı tür içerisinde gözlenmektedir.

* DNA’daki her karakter belirlenmiş kesin sayılarda ortaya çıkar ve her birinin ikizi vardır. TTT ve AAA ikizdirler ve en sık rastlanılanlardır; İngilizcedeki “E” harfinin DNA’daki karşılıklarıdır.

* Bu örüntü her biri için kendine özgü bir frekansa sahip 32 frekans oluşturur.

* T ile başlayan üçlü kümelerin sayısı ile A ile başlayan üçlü kümelerle sayısı tam olarak aynıdır. (% 0.1 içerisinde)

* C ile başlayan üçlü küme sayısı ile G ile başlayan üçlü küme sayısı tam olarak aynıdır.

* Genetik kod tablosu fraktaldır. Yani aynı örüntü kendisini her seviyede tekrar eder. Mikro ölçüm kontrolü  üçlü kümelerin amino asitlere dönüşmesini kontrol eder. Bu her biyoloji kitabında yazar. Perez tarafından keşfedilen makro ölçüm ise tüm organizmanın yapısal bütünlüğünü denetler.

* Perez örüntüler içerisinde başka örüntülerde keşfetmiştir.

Burada yaptığım sadece aysbergin ucunu göstermekten ibaret. Daha burada makaleyi anlaşılabilir tutmak için çıkardığım birçok kural ve katman detayı bulunmaktadır. Perez araştırmalarına devam etmektedir. Eğer Fransızca biliyorsanız, kitabı ‘‘ Codex Biogenesis ’’ ve Fransızca web sitesini tavsiye ediyorum. Burada İngilizce Çevirisi bulunmaktadır.

Yeri gelmişken, daha önce “Çöp DNA” olarak adlandırıla gelen bölgenin hiçte çöp olmadığını ortaya koyan oldukça ilginç veriler bulduğunu da belirtmeliyim.

Evet, tüm bunlar ne anlama gelmekte?

* Kopyalama hataları evrimsel ilerlemenin kaynağını oluşturamaz, çünkü bu doğru olsaydı, sonunda tüm harflerin eşit şekilde olası olması gerekirdi.

* Bu yararlı evrimsel mutasyonların rastgele olmadığını kanıtlar. Bunun yerine, bunların oldukça kesin bir evrimsel matris tarafından kontrol edildiğini gösterir.

* Organizmalar yatay gen transferi ile birbirlerinden gen alış verişi yaptıklarında, nihai sonuç hala kendine özgü matematiksel bir örüntüye tabidir.

* DNA yok edilmiş veriyi sağlama işlemi yoluyla eksilmiş içeriği yani romandan koparılmış sayfayı, tersine bir şekilde hesaplayarak, yeniden oluşturabilir.

Hiçbir insan yapısı dil, böylesine kesin bir matematiksel yapıya sahip değildir. DNA oldukça sıkıca dokunmuş, oldukça özgün kuralları izleyen yüksek oranda etkin bir yapıdır. Alfabesi, grameri ve tüm yapısı harikulade matematiksel işlevlerle düzenlenmiştir.

DAHA DA İLGİNÇ FAKTÖRLER:

En sık rastlanılan harf çifti (TTT ve AAA) insan genomu ve şempanzelerde tutarlı bir şekilde tam olarak 1/13X kez diğer harflerden daha sık gözükmektedir.

Grup 1’e en sık rastlanılan 32 üçlü kümeyi koyarsanız ve en az sıklıkta rastlanılan 32 üçlüyü de Grup 2 ‘ye alırsanız, Grup 1’in Grup 2‘ye oranı tam olarak 2:1’dir. Ve üçlü kümeler simetrik çiftler halinde meydana geldikleri için ( TTT-AAA, AAA-TTT vb.) bunları 16 grup altında toplayabilirsiniz.

Bu 4 adet üçlü kümeler popülâsyonunu grafiksel olarak gösterdiğimizde, barış sembolünü elde ediyoruz:

Bu kesin kurallar dizgesi ve simetriler size rastgele ya da kaza eseri gibi mi geliyor?

Arkadaşım, DNA hem kendi kendini onaran, kendi kendini düzelten, kendini yazan ve kendi evrimini üstlenen bir koddur. DNA,  insan mühendislerin ancak rüyalarında görebileceği, oldukça incelikli bir mühendislik seviyesi sergiler. Hepsinden ötesi, DNA zarif bir yapıdır.

Kanser bazen cinnetten çıkmış evrim diye tanımlanmıştır. Dr. Perez kanser hücrelerinde bu matriste oluşan bozunmaları da göstermektedir. Kuvvetle muhtemel olduğunu düşündüğüm şey, kanser araştırmalarındaki yeni atılımların bu matrisin içerisinde gizlendiğidir.

Tıp ve bilgisayar biliminde yürütülebilecek en üretken araştırmanın DNA evrimsel matrisi olduğunu ileri sürüyorum. Söylediğim gibi, bu sadece aysbergin uç kısmı.

Burada daha keşfedilecek çok şey var!

DNA dilini temel alan bilgisayar dilleri geliştirdiğimizde, bunlar olağanüstü veri sıkıştırma, hata düzeltme ve evet, kendi kendine evrilebilme yeteneğine sahip olabilecekler. Düşünün; bunlar kendi kendilerine yeni özellikler ekleyen ve zaman içinde bunu geliştiren bilgisayar programları olacak. Hem de tümünü kendileri gerçekleştirebilecek.

Bu nasıl olurdu?

Kaynak ; http://www.cosmicfingerprints.com/blog/mathematics-of-dna/

Araştırma Raporu ; “Codon Populations in Single-stranded Whole Human Genome DNA Are Fractal and Fine-tuned by the Golden Ratio 1.618″

http://akillitasarim.wordpress.com/2010/12/22/dna%e2%80%99nin-matematigi/‘den Alıntıdır.